Basia B

Opis

Wypowiedzi

• Wszystko
• Tylko fora

• 
  Wpis na grupie R w temacie Wyszukiwanie par w macierzy w R

  17.04.2017, 16:48

  Witam, jestem dość początkująca w programie R i mam problem z jednym zadaniem. Mam macierz i wektor. Przykładowa macierz:
  
  

      gen1      gen2     gen 3 .....
  
  a    NA         NA      NA
  
  b    1         3        1
  
  c    4         1        1
  
  d    NA       NA       NA
  
  itd. 

  
  
  Muszę zestawić pary genów z mutacją z genami bez mutacji z tego samego wiersza. Tzn chcę uzyskać mniej więcej coś takiego:
  
  

  b      gen 2      gen1
  
  b      gen2       gen3
  
  c      gen1       gen2
  
  c     gen1       gen3

  
  
  Próbowałam na dwa sposoby,
  
  

  ind= which(! is.na(macierz) & ! is.nan(macierz), arr.ind = TRUE)
  
  ind1=which(macierz==1,arr.ind = TRUE)
  
  ramka= data.frame(
  
    kolumna = rownames(macierz)[ ind[,"row"] ],
  
    gene1 = colnames(macierz)[ ind[,"col"] ],
  
    gene2 = colnames(macierz)[ind1[,"col"]]
  
  ) 

  
  
  jednak tutaj nie zgadza się liczba indeksów, oraz
  
  

  genes= matrix(data=NA, nrow=0, ncol=0)
  
  for(i in 1:ncol(macierz)) {
  
    for(j in 1:nrow(macierz)) {
  
      if (is.null(macierz)| is.na(macierz)| is.nan(macierz)){
  
      move on
  
    }
  
    else{
  
      genes[n,k]=matrix()

  
  
  a tutaj nie wiem co wpisać w pętli 'if', czy ktoś byłby w stanie mi pomóc? :)Ten post został edytowany przez Autora dnia 17.04.17 o godzinie 16:58